YLEISEN MIKROBIOLOGIAN
Sisältö: Bakteeriproteiinien tuotto ja puhdis-tus eri menetelmillä, mutageneesi kaksivaihei-sen PCR:n avulla, bakteerien sitoutuminen ja invaasio eukaryoottisoluihin, bakteerigeenien ja proteiinien analyysi bioinformatiikan keinoin.
Oppimateriaali ja kirjallisuus: Kurssimo-niste, kurssilla jaettava oheismateriaali, Mood-le-alusta
Suoritustavat: Harjoitustyöt, artikkelimuotoi-set työselostukartikkelimuotoi-set, opiskelijaesitelmät, tietoko-nehaut ja bioinformatiikkatehtäviä
Arviointi: Työselostukset (0-5)
Yhteydet muihin opintojaksoihin: Suori-tettava ennen (52833) Syventävä laboratorio-opetus II jaksoa.
52809 Syventävä laboratorio-opetus I, 8-12 op (valinnainen)
Kohderyhmä: Valinnainen opintojakso, joka sopii pää- ja sivuaineopiskelijoille aineopinto-jen yhteydessä.
Ajoitus: Aineopinnot
Edeltävät opinnot: Yleisen mikrobiologian pe-rusopinnot, Geenitekniikan työt I (52729) ja Bak-teriologian ja virologian harjoitustyöt (529310) Tavoite: Itsenäisen laboratoriotyöskentelyn op-piminen: opiskelija perehdytetään tutkimustyö-hön tutkimusryhmässä tutkijan/opettajan hen-kilökohtaisessa ohjauksessa.
Sisältö: Kokopäiväinen 6-8 viikon harjoittelu-jakso, jossa opiskelija perehtyy mikrobiologiseen tutkimustyöhön henkilökohtaisen opettajan joh-dolla. Harjoittelun alussa opiskelija tutustuu tut-kimusongelmaan lukemalla hänelle annettavat artikkelit sekä keskustelulla ko. tutkimusongel-masta. Harjoittelujakson lopussa opiskelija kir-joittaa työstään lyhyen raportin, joka jätetään oh-jaajalle yhdessä laboratoriopäiväkirjan kanssa.
Oppimateriaali ja kirjallisuus: Projektiin liittyvää kirjallisuutta
Suoritustavat: Tutkimusprojekti, laboratorio-päiväkirja ja loppuraportti
Arviointi: Hyväksytty/ Hylätty
52833 Syventävä laboratorio-opetus II, 12 op (pakollinen)
Kohderyhmä: Yleisen mikrobiologian pääai-neopiskelijat
Ajoitus: Syventävät opinnot
Edeltävät opinnot: Yleisen mikrobiologian perus- ja aineopinnot sisältäen Geenitekniikan työt I (52729) ja Bakteriologian ja virologian harjoitustyöt (529310) sekä syventävistä opin-noista Molekyylibakteriologian harjoitustyöt (528019) ja Virologian harjoitustyöt (528020) Tavoite: Itsenäisen laboratoriotyöskentelyn op-piminen: opiskelija perehdytetään tutkimustyö-hön tutkimusryhmässä tutkijan/opettajan hen-kilökohtaisessa ohjauksessa. Riskinarviorapor-tin tarkoituksena on perehdyttää opiskelija alan käytäntöihin (=ilmoitusvelvollisuus GMO:lla työskenneltäessä) sekä auttaa hahmottamaan omaan projektiin liittyviä riskejä
Sisältö: Kokopäiväinen 8 viikon harjoittelujak-so, jossa opiskelija perehtyy mikrobiologiseen tutkimustyöhön henkilökohtaisen opettajan johdolla. Opiskelijan erikoistumislinjasta riip-puen harjoittelun tiedollinen tausta liittyy joko lääketieteellisen mikrobiologian, virologian tai mikrobiekologian osa-alueeseen. Opiskelija tu-tustuu tutkimusongelmaan lukemalla hänelle annettavat artikkelit sekä keskustelulla ko. tut-kimusongelmasta. Jakson aikana opiskelija pe-rehdytetään geenitekniikan lainsäädäntöön ja sen asettamiin vaatimuksiin ko. projektissa ja hän laatii työstään kirjallisen riskinarvion. Har-joittelujakson lopussa opiskelija kirjoittaa työs-tään lyhyen raportin.
Oppimateriaali ja kirjallisuus: Projektiin liittyvä kirjallisuus, geenitekniikan lainsäädän-töä
Suoritustavat: Tutkimusongelmaan perehty-minen kirjallisuuden ja keskustelun kautta, har-joitustyöt, laboratoriopäiväkirja, loppuraportti, perehtyminen geenitekniikan lainsäädäntöön ja kirjallinen riskinarvio
Arviointi: Hyväksytty/hylätty
Yhteydet muihin opintojaksoihin: Pakol-linen opintojakso, joka suoritetaan opiskelijan
valitsemalla mikrobiologian erikoistumislinjalla ennen pro gradu -työtä.
Lisätiedot: Harjoittelusta sovitaan erikoistu-mislinjan vastuuprofessorin kanssa.
528008 Syventävä laboratorio-opetus III, 8-12 op (valinnainen)
Kohderyhmä: Yleisen mikrobiologian pääai-neopiskelijat
Ajoitus: Syventävät opinnot
Edeltävät opinnot: Yleisen mikrobiologian perus- ja aineopinnot sisältäen Geenitekniikan työt I (52729) ja Bakteriologian ja virologian harjoitustyöt (529310) sekä syventävistä opin-noista Molekyylibakteriologian harjoitustyöt (528019) ja Virologian harjoitustyöt (528020) Tavoite: Itsenäisen laboratoriotyöskentelyn op-piminen: opiskelija perehdytetään tutkimustyö-hön tutkimusryhmässä tutkijan/opettajan hen-kilökohtaisessa ohjauksessa.
Sisältö: Kokopäiväinen 6-8 viikon harjoittelu-jakso, jossa opiskelija perehtyy mikrobiologiseen tutkimustyöhön henkilökohtaisen opettajan joh-dolla. Opiskelijan erikoistumislinjasta riippuen harjoittelun tiedollinen tausta liittyy joko lääke-tieteellisen mikrobiologian, virologian tai mikro-biekologian osa-alueeseen. Opiskelija tutustuu tutkimusongelmaan lukemalla hänelle annetta-vat artikkelit sekä keskustelulla ko. tutkimuson-gelmasta. Harjoittelujakson lopussa opiskelija kirjoittaa työstään lyhyen raportin.
Oppimateriaali ja kirjallisuus: Projektiin liittyvä kirjallisuus
Suoritustavat: Tutkimusongelmaan perehty-minen kirjallisuuden ja keskustelun kautta, har-joitustyöt, laboratoriopäiväkirja, loppuraportti Arviointi: Hyväksytty/hylätty
Yhteydet muihin opintojaksoihin: Suorite-taan opiskelijan valitsemalla mikrobiologian eri-koistumislinjalla, suositellaan ennen pro gradu -työtä. Valinnainen opintojakso.
Lisätiedot: Harjoittelusta sovitaan erikoistu-mislinjan vastuuprofessorin kanssa.
LUENNOT JA SEMINAARIT 528006 Johdanto viruksiin, 3-4 op
Kohderyhmä: Yleisen mikrobiologian pää- ja sivuaineopiskelijat sekä muut virologiasta kiin-nostuneet opiskelijat.
Ajoitus: Soveltuu aineopintovaiheeseen Edeltävät opinnot: Biotieteiden perusteet I (529001) tai vastaavat tiedot
Tavoite: Perustiedot viruksista ja keskeisim-mistä virologian käsitteistä ja tekniikoista.
Seminaariesitelmä: tieteellisen ajattelun kehittäminen, kirjallisuuteen tutustuminen ja suullinen esitystaito
Sisältö: Virusten rakenne, luokittelu, elinkier-to ja replikaatio, virukset biosfäärissä, virusten evoluutio. Seminaariesitelmät.
Oppimateriaali ja kirjallisuus: Luentoma-teriaali
Suoritustavat: Luennot (3 op), seminaariesi-telmä (1 op)
Arviointi: Tentti (0-5), seminaariesitelmä (hy-väksytty/ hylätty)
Yhteydet muihin opintojaksoihin: Kuu-luu osana Viikin kampuksen yhteisiin virologi-an opintoihin.
52826 Mikrobiekologia, 3-5 op
Kohderyhmä: Yleisen mikrobiologian pää- ja sivuaineopiskelijat
Ajoitus: Aineopinnot
Edeltävät opinnot: Biotieteiden perusteet I ja II (529001 ja 529002)
Tavoite: Perehdyttää mikrobiekologian perus-käsitteisiin, erilaisiin mikrobiekosysteemeihin ja niiden toimintaan sekä vuorovaikutuksiin ym-päristön kanssa
Sisältö: Mikrobiekosysteemit maassa ja ve-dessä, alkuaineiden biogeokemialliset kierrot, ympäristöä kuormittavien kemikaalien bioha-joavuus ja myrkyllisyys. Lisäksi mikrobien sekä eläinten, kasvien ja ihmisen väliset hyödylliset ja haitalliset vuorovaikutussuhteet.
Oppimateriaali ja kirjallisuus: Luentoma-teriaali. Luentojen yhteydessä suositellaan luet-tavaksi Brock: Biology of Microorganisms 12.p.
luvut 17, 18 (20,21) 23, 24.
Suoritustavat: Luennot, seminaariesitelmät, kotitehtävät, tentti (kirjallinen ja suullinen).
Huom! opintojakson voi suorittaa ilman semi-naarit-osaa, jolloin laajuus on 3 op.
Arviointi: Tentti (sisältäen suullisen osan) ja seminaarit (0-5)
Yhteydet muihin opintojaksoihin: Järjes-tetään yhteistyössä maatalous-metsätieteellisen tdk:n soveltavan elintarvike- ja ympäristötietei-den laitoksen kanssa. Pakollinen opintojakso mikrobiekologian erikoistumislinjalla.
529309 Biotekniikka, 2 op
Sisältö: Luentokurssi perehdyttää opiskelijan tärkeimpiin biotekniikan sovellutuksiin ja nii-den biologisiin perusteisiin. Kurssilla perehdy-tään maitohappobakteerien ja leipomohiivan ominaisuuksiin ja hyötykäyttöön, mikrobien ja eukaryoottisolujen käyttöön vieraiden proteiini-en tuotossa, bakteeriproteiini-en metagproteiini-enomiikkaan sekä systeemibiologiaan, sekä eukaryoottisolujen ja – eliöiden käyttöön biotekniikassa.
Oppimateriaali ja kirjallisuus: Brock Biolo-gy of Microorganisms, uusin painos, kappaleet 25 (Industrial microbiology) ja 26 (Biotechnolo-gy); Glick ym.: Molecular Biotechnology, uusin painos, luvut 6 (Manipulation of gene expression in prokaryotes), 7 (Heterologous protein produc-tion in eukaryotic cells), 17 ja 18 (Genetic engi-neering of plants), ja 19 (Transgenic animals).
Suoritustavat: Luentoihin (24 tuntia) ja oppi-kirjoihin perustuva tentti
Arviointi: Kuulustelu, asteikko 0-5
528021 Infektiotaudit ja infektioimmunologia, 4 op
Kohderyhmä: Yleisen mikrobiologian pää- ja sivuaineopiskelijat sekä molekyylibiotieteiden opiskelijat
Ajoitus: Aine- tai syventävät opinnot Edeltävät opinnot: Biotieteiden perusteet I ja II (529001 ja 529002), Immunobiologia (52773) Tavoite: Antaa kuva immuunijärjestelmän toi-minnasta mikrobi-infektioissa ja mikrobien kei-noista vastustaa isännän immuuniresponssia.
Sisältö: Mikrobin ja isäntäorganismin vuoro-vaikutus, normaalifloora ja immunisysteemin kehittyminen, luonnollinen ja opittu immuni-teetti bakteeri- ja virusinfektioissa, immunolo-giset menetelmät diagnostiikassa, rokottaminen.
Oppimateriaali ja kirjallisuus: Luentoma-teriaali. Luentojen yhteydessä suositellaan luet-tavaksi Brock: Biology of Microorganisms 12.p.
luvut 28-31 ja 34-35.
Suoritustavat: Luennot, mahdolliset etäteh-tävät, tentti
Arviointi: Tentti (0-5)
Yhteydet muihin opintojaksoihin: Kuuluu immunologian opetuskokonaisuuteen. Pakolli-nen opintojakso lääketieteellisen mikrobiologian erikoistumislinjalla.
52831 Molekyylimikrobiologian seminaari, 3 op (sis. 1 op TVT-opintoja)
Kohderyhmä: Yleisen mikrobiologian pääai-neopiskelijat
Ajoitus: Seminaariin osallistutaan syventävien opintojen aikana
Edeltävät opinnot: Yleisen mikrobiologian perus- ja aineopinnot
Tavoite: Kehittää opiskelijoiden tieteellistä ajattelua, kykyä valmistaa tieteellinen seminaa-riesitys, kehittää esiintymistaitoja sekä aktivoida opiskelijoita seminaarityöskentelyyn
Sisältö: Tieteellisen esitelmän valmistaminen ja esittäminen sekä tiedonhaku molekyylimik-robiologiaan liittyvästä ajankohtaisesta aiheesta Oppimateriaali ja kirjallisuus: Aiheeseen liittyvää tieteellistä kirjallisuutta
Suoritustavat: Opiskelijaesitykset, tiivistel-mä omasta esityksestä ja osallistuminen semi-naareihin
Arviointi: Seminaariesitys (0-5)
528015 Taudinaiheuttajimikrobien evoluutio ja gemoniikka, 4 op
Kohderyhmä: Yleisen mikrobiologian pää- ja sivuaineopiskelijat
Ajoitus: Syventävät opinnot
Edeltävät opinnot: Yleisen mikrobiologian perus- ja aineopinnot
Tavoite: Seminaarissa perehdytään tärkeim-pien taudinaiheuttajamikrobien genomiikkaan, evoluutioon, populaatiobiologiaan sekä taudin-aiheuttaja-isäntä –suhteen perusteisiin ja muo-dostumiseen. Seminaarissa perehdytään myös genomiikan käyttöön alan tutkimuksessa sekä hyödyntämiseen esim. infektiotautien estossa.
Sisältö:
Oppimateriaali ja kirjallisuus: Aiheeseen liittyvä tieteellinen kirjallisuus sekä oheisluke-mistona Bacterial Pathogenomics (Pallen, MJ, Nelson, KE, Preston GM. 2007; ASM Press) ja Evolution of Microbial Pathogens (Seifert, HS., Dirita, VJ, 2006, ASM Press).
Suoritustavat: Osallistuminen seminaariin, semiaariesitelmä, suullinen ryhmätentti Arviointi: 0-5. Seminaariesitelmän ja seminaa-rin loppukeskustelun (=suullinen ryhmätentti) perusteella.
528010 Kliinisen bakteriologian erikoiskurssi, 4 op
Kohderyhmä: Yleisen mikrobiologian pääai-neopiskelijat
Ajoitus: Aine tai syventävät opinnot
Edeltävät opinnot: Yleisen mikrobiologian perus- ja aineopinnot
Tavoite: Perehdyttää opiskelija kliinisen bakte-riologian diagnostisiin menetelmiin.
Sisältö: Erilaisten potilasnäytteiden käsitte-ly, tutkiminen ja taudinaiheuttajien tunnistus.
Oppimateriaali ja kirjallisuus: Kurssimo-niste ja muu kurssilla jaettava materiaali Suoritustavat: Laboratoriotyöt, hyväksytty la-boratoriopäiväkirja, tentti
Arviointi: Tentti 0-5
528014 Mikrobiekologian erikoiskurssi / Course in microbial ecology, 4-6 op
Edeltävät opinnot / Prerequisities:
Basics in biosciences I and II, Practical work in microbiology and microbial genetics, Practical work in gene technology, Lectures in microbial ecology or corresponding particulars.
Tavoite / Aim: To study ecologically important microbes in pristine and polluted environments as well as fungi in indoor dust with molecular genetic methods, and to demonstrate practical usefulness of PCR-based methods in environmental and health technology.
Sisältö / Contents: In the course students are acquainted with research of soil and plant ecosystems as well as indoor health by studying microbial communities starting from DNA isolation and ending up in phylogenetic analysis of bacterial, fungal and archaeal sequences.
Oppimateriaali ja kirjallisuus / Literature: The course handout and reference material given during the course.
Suoritustavat:
Arviointi / Grading: Exam (0-5) and work report (0-5)
528003 Bacterial pathogenesis – a journal club / seminar, 4 op
Edeltävät opinnot / Preceding studies:
Basic and cum laude-level studies in general microbiology. The course is also suitable for postgraduate students
Tavoite / Objective: The purpose is to train students in molecular pathogenesis and critical reading of research articles.
Sisältö / Contents: The journal club addresses the molecular and cellular biology of bacterial pathogens and well as their pathogenomics and will use as material original landmark articles of the field.
910002 Virus club, 1-3 op
Sisältö: Biokeskuksen seminaarisarja, joka so-pii hyvin virologian suunnan syventäviä opinto-ja tekeville opiskelijoille sekä opinto- jatko-opiskelijoil-le. Viikin tutkijakoulu antaa seminaarista suo-ritusmerkinnän.
Yhteydet muihin opintojaksoihin: Pakol-linen opintojakso virologian erikoistumislinjan opiskelijoille syventävien opintojen aikana.
52883 Työharjoittelu –aineopinnot, 1-3 op Kohderyhmä: Yleisen mikrobiologian pää- ja sivuaineopiskelijat
Ajoitus: Aineopinnot
Edeltävät opinnot: Yleisen mikrobiologin pe-rusopinnot
Tavoite: Työharjoittelun (esim. kesätyön) aika-na opiskelija tutustuu erilaisiin mikrobiologisiin laboratorioihin ja tutkimusmenetelmiin. Opiske-lija pystyy hyödyntämään ja soveltamaan oppi-miaan tietoja ja taitoja sekä oppii uusia menetel-miä ja vahvistaa käytännön laboratoriotaitojaan.
Sisältö: Työharjoittelua mikrobiologisessa la-boratoriossa aineopintojen aikana.
Oppimateriaali ja kirjallisuus:
Suoritustavat: Työharjoittelu, harjoitteluker-tomus. Työn vaativuuden ja työjakson pituuden perusteella arvioidaan op-määrä.
Arviointi: Hyväksytty/hylätty
52887 Työharjoittelu –syventävät opinnot, 2-6 op
Kohderyhmä: Yleisen mikrobiologian pääai-neopiskelijat
Ajoitus: Syventävät opinnot
Tavoite: Työharjoittelun (esim. kesätyön) aika-na opiskelija tutustuu erilaisiin mikrobiologisiin laboratorioihin ja tutkimusmenetelmiin. Opiske-lija pystyy hyödyntämään ja soveltamaan oppi-miaan tietoja ja taitoja sekä oppii uusia menetel-miä ja vahvistaa käytännön laboratoriotaitojaan.
Sisältö: Työharjoittelua mikrobiologisessa la-boratoriossa syventävien opintojen aikana.
Suoritustavat: Työharjoittelu, harjoitteluker-tomus. Työn vaativuuden ja työjakson pituuden perusteella arvioidaan op-määrä.
Arviointi: Hyväksytty/hylätty
52817 Mikrobiologian kuulustelu, 8 op Oppimateriaali ja kirjallisuus: Madigan, M.T., Martinko, J.M., Dunlop P.V. & Clark D.P.: Brock Biology of Microorganisms . Pear-son Prentice Hall (12.p. 2009; 1061 tai uudem-pi). Kirjan voi tenttiä kerralla tai kahdessa osas-sa, jolloin ensimmäiseen osaan kuuluvat kappa-leet 1-14 sekä kappakappa-leet 19-21 ja toiseen osaan kuuluvat kappaleet 15-18 ja 22-37.
Lisätiedot: 52817 Mikrobiologian kuulustelu, 5 op (aineenopettajille)
Madigan, M.T., Martinko, J.M., Dunlop P.V. &
Clark D.P.: Brock Biology of Microorganisms . Pearson Prentice Hall (12.p. 2009; 1061 tai uudempi). Huom! Unit 3 ja Unit 7 eivät sisälly tenttiin.
528022 Mikrobiologian loppukuulustelu (laudatur), 8 op
Kohderyhmä: Yleisen mikrobiologian pääai-neopiskelijat
Oppimateriaali ja kirjallisuus: Kirjallisuus valitaan erikoistumislinjan mukaan ja sovitaan vastuuprofessorin kanssa.). Loppukuulustelu voidaan suorittaa kahdessa osassa.
529340 Syventävien opintojen loppukuulustelu (aineenopettajat), 5 op Oppimateriaali ja kirjallisuus: Kirjallisuus valitaan erikoistumislinjan mukaan (528022) Mikrobiologian loppukuulustelu -kirjalistalta ja sovitaan vastuuprofessorin kanssa.
50109 Pro gradu –tutkielma yleisessä mikrobiologiassa, 40 op
Edeltävät opinnot: LuK-opinnot sekä syven-tävistä opinnoista Molekyylibakteriologian har-joitustyöt, Virologian harjoitustyöt ja Syventävä laboratorio-opetus II
Sisältö: FM-tutkinnon opinnäyte koostuu ko-keellisesta työstä (3 kk, 24 op) ja kirjallisesta osasta (16 op). Aiheesta ja suorituspaikasta so-vitaan etukäteen vastuuprofessorin kanssa. Ko-keellinen työ suoritetaan yleisen mikrobiologian dosentin ohjauksessa. Opiskelija laatii ohjaajan kanssa työlle kirjallisen suunnitelman, jonka hy-väksymisen jälkeen työn voi tehdä. Hyväksytty pro gradu -suunnitelma jätetään yleisen mik-robiologian kansliaan. Kokeellisen osan lisäksi pro gradu -tutkielmaan sisältyy aiheeseen liit-tyvä kirjallisuuskatsaus. Lopullinen pro gradu -tutkielma jätetään kahtena kappaleena. Pro gradu -työstä pidetään englannin kielinen semi-naariesitelmä (20 min) esim. tutkimusryhmän omissa kokouksissa. Seminaariesitelmän ajan-kohta ilmoitetaan etukäteen opintoneuvojalle.
Kypsyysnäyte sisältää esseemuotoisen, hyvällä äidinkielellä kirjoitetun vastauksen tutkielman aihepiiriin läheisesti liittyvään kysymykseen.
Kypsyysnäytteestä katsotaan perehtyneisyys opinnäytteen alaan. Jos opiskelija ei ole tehnyt kypsyysnäytettä LuK-tutkinnon yhteydessä, niin tässä kypsyysnäytteessä katsotaan myös äidin-kielen osaaminen. Yleisohjeet pro gradu –tut-kielmasta ovat tiedekunnan sivulla.